Святыня на Зилантовой горе основана Иваном Грозным в Казани в 1552 году. Ее появление ознаменовало взятие города русскими войсками. Изначально она расположилась недалеко от братской могилы русских воинов, погибших во время захвата города, но из-за того, что ежегодно место заливалось водой во время половодья, спустя семь лет святыня была перенесена на свою нынешнюю территорию. Существует версия, что храм начали отстраивать там, где погиб святой Иоанн Казанский, пострадавший от татар за отказ принять ислам.
Ансамбль монастыря складывался на протяжении XVII — XVIII века. В него входили Успенский собор, храм Митрополита Алексия, храм Спаса Нерукотворного над могилой павших воинов, жилые и хозяйственные постройки. Некоторое время на территории обители располагалась Казанская духовная семинария.
Будучи древнейшей святыней не только Татарстана, но и всего Поволжья, Зилантова обитель привлекает огромное количество приезжающих. Место уникально и самобытно, также оно имеет многогранную вековую историю.